Институт минералогии УрО РАН организован в 1988 году на базе научных подразделений Ильменского государственного заповедника имени В.И. Ленина с целью развития фундаментальных исследования в области минералогии. Институт минералогии УрО РАН, с момента его основания находится на передовых позициях в области наук о Земле.

На протяжении 30–летнего существования Института научные исследования его сотрудников были направлены на изучение минералогии важнейших типов рудных месторождений, экспериментальное моделирование магматических и гидротермальных процессов, решение экологических проблем, возникающих в процессах добычи и переработки полезных ископаемых.

Институт минералогии – признанный мировой лидер в создании и развитии литолого-минералогической теории колчеданообразования, увязывающей в единую концепцию процессы седиментогенеза, гальмиролиза и биогенеза на колчеданоносных полях современных и древних океанов. В институте разработана теория аффинной гомологии кристаллов; обнаружен новые структурные классы минералов – трифосфаты с цепочечной структурой, силикооксиды, силикохлориды и силикофториды. Выполнены уникальные эксперименты по изучению строения магматических расплавов, а также структурных аналогов силикатов в расплавленном и стеклообразном состоянии, разработана общая теория анионных равновесий в силикатных системах. В институте зародилось и успешно развивается новое направление: минералогия и геохимии техногенеза, дающее основу для прогнозирования экологических последствий добычи полезных ископаемых в горно-рудных регионах страны. В настоящее время 30 новых минеральных видов открыто сотрудниками Института минералогии. Именами наших сотрудников Б.В.Чеснокова, В.О. Полякова, А.Г. Баженова, Л.Ф. Баженовой названы новые минералы чесноковит, поляковит, баженовит.

Институт активно участвует в многочисленных российских и международных научных проектах, направленных на решение проблем генезиса и прогнозирования рудных месторождений, переоценки месторождений России на особо чистый кварц. В Институте разработаны принципиально новые литолого-минералогические критерии прогнозирования месторождений черных, цветных и благородных металлов и нерудного сырья. Создана экспериментальная база для разработки методов синтеза особо чистого и легированного кварцевого стекла для нано-, микроэлектроники и волоконной оптики. Технология синтеза особо чистого кварцевого стекла КС-4В, разработанная сотрудниками Института и удостоенная Государственной премии РФ, внедрена в производство.

В 1998 г. на базе Института минералогии создан геологический факультет Южно-Уральского Государственного Университета